cygwinでjavaのクラスパスを通す方法は以下の通り．
(1) .bashrcにlinuxと同じようにクラスパスを記述する．
CLASSPATH=.:~
CLASSPATH=$CLASSPATH:/usr/local/lib/hogehoge.jar
export CLASSPATH
(2) source .bashrc で変更内容を反映する．
(3) echo $CLASSPATH でクラスパスが通っているか確認する．
(4) javacにクラスパスを以下のように記述する．
javac -cp "$(cygpath -pw "$CLASSPATH")" hogehoge.java
# -cp は，-classpathの略
# cygpath は，linuxのパスをwindowsパスに変換するコマンド
(5) java -cp "$(cygpath -pw "$CLASSPATH")" hogehoge
■ 参考サイト
徒然学習録.net
